签署辞职协议后发现赔偿不公，我可以申请仲裁

可以申请仲裁，但主动辞职一般无经济补偿。《劳动合同法》规定，仅在某些特定情况下，用人单位才需支付经济补偿金。若赔偿不公且未及时处理，可能导致您的合法权益受损，无法获得应有的赔偿。
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处理此问题可申请劳动仲裁或协商。建议先尝试与用人单位协商，若协商无果，再考虑申请劳动仲裁，以确保您的权益得到妥善维护。
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可申请仲裁。操作如下：1.收集证据，如辞职协议、工资单等；2.尝试与用人单位协商，寻求合理赔偿；3.若协商不成，向劳动仲裁委员会提交仲裁申请，附上相关证据；4.等待仲裁结果，如有必要，可进一步诉诸法律。